Gestió i Administració
El departament de gestió i administració de la Confederació Gonzalo Anaya coordina els recursos humans, econòmics i tècniques per a que la seua activitat es puga desenvolupar. L’organització assessora a les seues federacions provincials en assumptes legislatius, d’organització i funcionament de les AMPA i relació amb l'administració, entre altres aspectes.
Formació
La Confederación Gonzalo Anaya impulsa programes educatius dirigits a les AMPA adscrites a las federacions. Els cursos, que intenten estimular la participació de les famílies, tracten sobre la creació i el funcionament de les associacions de mares i pares de alumnes i els consells escolars. Però també s’organitzen sessions sobre altres assumptes d’interès per a la educació diària dels fills.
Comunicació
En sent l’organització majoritària del moviment associatiu de pares de la escola pública, la Confederació Gonzalo Anaya és una veu autoritzada per a informar i exposar el posicionament de la institució sobre els temes educatius d’actualitat. Per a coordinar la relació amb els mitjans de comunicació existix el Gabinet de Comunicació, encarregat de projectar el missatge, consensuat en el si de les federacions. A més, disposa de espais en Internet (web i xarxes socials) per a la comunicació amb el públic en general.