La Confederació Gonzalo Anaya coordina les tres federacions que la integren, els ofereix els serveis d´assessorament i informació i promou diverses activitats formatives per als pares i mares. Així mateix des de la "Gonzalo Anaya" i les FAPA s´impulsa l´associacionisme de pares i mares d´alumnes per aconseguir una major implantació en tot el territori valencià.
Per portar a terme, els diferents serveis compta amb la següent estructura de treball:
Gestió i Administració
Coordinar els recursos humans, econòmics i tècnics perquè tota l´activitat es puga desenvolupar, és la tasca del departament de gestió i administració de la Confederació Gonzalo Anaya des d´on es materialitza el projecte amb la programació anual i es fa memòria de l´organització de les diferents activitats, tenint en compte les necessitats de les AMPA i les propostes de les Federacions i els recursos existents.
Formació
La Confederació Gonzalo Anaya impulsa programes educatius dirigits a les APA/AMPA adscrites a les federacions. Els cursos tracten d´estimular la participació de mares i pares d´alumnes en els centres. Per això, es fan cursos en els centres que tracten sobre la creació i el funcionament de las associacions de mares i pares d´alumnes i els consells escolars. Altra iniciativa formativa són les Escoles de Pares i Mares promogudes per la Confederació i organitzades per les FAPA.
Comunicació
Pel fet de ser l´organització majoritària del moviment associatiu de pares de l´escola pública, la Confederació Gonzalo Anaya és una veu autoritzada per informar i exposar el posicionament de la institució davant els temes educatius que nodreixen l´actualitat. Per coordinar la relació amb els mitjans existeix el Gabinet de Comunicació encarregat de projectar el missatge, consensuat al si de les federacions i que emet la presidència i/o la junta directiva. Ara, a més, desenvolupa aquest projecte on line per al moviment associatiu que abraça tota la seua estructura, dotant a la Confederació, a les federacions i les associacions, d´un espai a internet.