La Confederació Gonzalo Anaya té com principal missió, coordinar les actuacions de les tres federacions associades per a aconseguir la unitat d´acció en la millora de la qualitat de l´ensenyament i del servici públic de l´educació, el foment de la participació en l´escola, el desenvolupament de les pautes d´integració en l´escola i l´obertura d´esta en el medi social, natural i cultural en el que estiga inserida i, en general, en totes les actuacions en l´àmbit educatiu. A més, representa i defén els interessos de totes la FAPA confederades i ha de fomentar el desenvolupament del moviment associatiu de pares i mares d´alumnes a través de les federacions.

D´ entre les seues principals activitats de representació està l´assistència al Consell Escolar Valencià, a la Mesa de Pares i altres fòrums associatius com els de CEAPA, a més de programar anualment la formació als pares i mares d´alumnes adscrits a les federacions. Així hi ha un sèrie d´activitats definides en el projecte d´activitats 2008 que es detallen a continuació. 

• La representació al Consell Escolar Valencià, Mesa de Pares i Mares i altres fòrums. 
• Gestió, organització, coordinació de l´àrea de formació i assessorament a les FAPA i AMPA/APA.
• Comunicació interna i externa de la Confederació.
• Cursos de formació de pares i mares representants en els consells escolars.
• Cursos de formació d´associacions de pares i mares d´alumnes.
• Cursos d´informàtica per a pares i mares d´alumnes adscrits a les nostres federacions
• Campanyes per a censar a les AMPA que encara no estiguen registrades en la Conselleria de Cultura.
• Diplomes de la Universitat de València d´Especialització en fracàs escolar i rendiment escolar; en Convivència i Integració Família-Escuela i en Relacions Humanes, Educació i Adminsitración Familiar.
• Cursos de valencià i castellà per a pares i mares d´alumnes immigrants.
• Jornades temàtiques.
• Cursos de Formador de formadors per a la millora de la convivència escolar.
• Escola de Pares.