La Confederación Gonzalo Anaya tiene como principal misión, coordinar las actuaciones de las tres federaciones asociadas para lograr la unidad de acción en la mejora de la calidad de la enseñanza y del servicio público de la educación, el fomento de la participación en la escuela, el desarrollo de las pautas de integración en la escuela y la apertura de esta en el medio social, natural y cultural en el que esté insertada y, en general, en todas las actuaciones en el ámbito educativo. Además, representa y defiende los intereses de todas la FAPA confederadas y fomenta el desarrollo del movimiento asociativo de padres y madres de alumnos a través de las federaciones.   

La Confederación Gonzalo Anaya tiene como principal actividad de representación, la asistencia al Consell Escolar Valencià, a la Mesa de Pares y a otros foros asociativos como las jornadas y sesiones convocadas por la CEAPA, además de programar anualmente la formación de padres y madres de alumnos adscritos a nuestras federaciones. Por ello, hay una serie de actividades definidas en el proyecto de actividades 2008 que se detallan a continuación.

• La representació al Consell Escolar Valencià, Mesa de Pares i Mares i altres fòrums. 
• Gestión, organización, coordinación del área de formación y asesoramiento a las FAPA y AMPA/APA.
• Comunicación interna y externa de la Confederación Gonzalo Anaya.
• Cursos de formación de padres y madres representantes en los consejos escolares.
• Cursos de formación de asociaciones de padres y madres de alumnos.
• Cursos de informática para padres y madres de alumnos adscritos a nuestras federaciones.
• Campañas para censar a las AMPA que aún no lo este en la Conselleria de Cultura.
• Diplomas de la Universitat de València de Especialización en fracaso escolar y rendimiento escolar; en Convivencia e Integración Família-Escuela y en Relaciones Humanas, Educación y Adminsitración Familiar. 
• Cursos de valenciano y castellano para padres y madres de alumnos inmigrantes.
• Jornadas temáticas.
• Cursos de Formador de formadores para la mejora de la convivencia escolar.
• Escuela de Padres.